Programlama Şube Müdürlüğünün görevleri:

• Operasyonel Programı hazırlamak, operasyonel programın tanıtılması için bilgilendirme kampanyaları düzenlemek, gerektiğinde operasyonel programda değişiklik ve/veya düzeltme yapmak,
• Strateji Cevap Kâğıdı dokümanını ilgili tüm paydaşlarla koordinasyon sağlayarak hazırlamak, her yıl güncellemesini yapmak,
• Proje çağrısına çıkarak proje taleplerini toplamak ve ön değerlendirmesini yapmak,
• Nihai faydalanıcılar ve ilgili devlet kurum ve kuruluşlarıyla işbirliği yaparak projelerin önceliklendirme çalışmalarını yürütmek, bu çerçevede proje seçim kriterlerini belirlemek,
• Önceliklendirilmiş olan tüm projelerin ve aksiyonların hazırlanmış olan dokümanlarının Avrupa Komisyonuna başvurusunu yapmak,
• İletişim Eylem Planını hazırlamak,
• Operasyonel Program kapsamındaki tüm görünürlük ve iletişim faaliyetlerini yürütmek,
• AB fonları için program düzeyinde finansal planlama yapmak, bütçe ve eş finansman düzenlemesi yapmak, Finansman Anlaşması revizyonlarını gerçekleştirmek,
• Ödeme işlerine ilişkin Finansal Yönetim Şube Müdürlüğü ile koordineli çalışmak, Doğrudan Harcama Planı sözleşmesini yönetmek,
• Daire Başkanı tarafından verilen diğer görevleri yerine getirmek,